Siendo la capital del gobierno fuerte de los Sogdes fue destruida por las tropas de Alejandro Maglo.

Restablecido de las ruinas, se convertió de nuevo en el centro comercial de Gran Ruta de la Seda. En los principios del siglo XIII como el resultado de la invasión de los mongoles la ciudad fue enterrada bajo la capa de los incendios. Pero como la ave fénix renaciendo de ceniza llegó a ser la capital del estado de Amir Temur. Justo en ese período la ciudad de nuevo alcanzó la fama mundial, siendo una de las ciudades florecientes del mundo.

El corazón de la Gran Ruta de la Seda golpeaba en Samarkanda—la capital de la imperia de Tamerlán. Después de cada victoria en las guerras con los indios, chinos, turcos y etc, él mandaba a los maestros, arquitectos, joyeros y científicos mejores de cada país para construir algo incomparable. Hoy día la parte antigua de Samarkanda es la ciudad típica oriental con muchos monumentos históricos. 

El mausoleo de Guri-Amir (XV) es el sepulcro familiar de la dinastia de los Temurids, donde se ha enterrado el mismo Temur—gobernador de Samarkanda entre los siglos XIV—XV, sus 2 hijos y 2 nietos. 

La mezquita de Bibi-Khanum (1399-1404) es la construcción más majestuosa del tiempo del gobierno de Tamerlán. Fue construida previo el orden de Amir Temur, después de la marcha a India y conquista de Delhi.

El conjunto arquitectónico de los mausoleos de Shokhi-Zinda (XI-XX) es el cementerio de los habitantes nobles y ricos de la ciudad, donde se conservaron unas 20 edificios de las madrazas, mausoleos y mezquitas terrestres de varios tiempos y edades.

La plaza de Reguiston es el centro de la ciudad antigua, donde se ubican 3 edificios de las madrazas: La madraza de Ulugbek (XV), madraza de Sherdor (XVII) y Tilla-qori (XVII), también está situada la mezquita de Tilla-qori (XVII).

Cerca de Reguiston hay el observatorio de Ulugbek (nieto de Tamerlán) de que sólo se ha conservado la parte subterránea. Aquí Ulugbek observaba las estrellas, luna, sol y otros objetos cósmicos. 

En el museo de Ulugbek que se situa al lado del observatorio se puede conocer con la herencia científica del oriente.